主要阶段是回合玩家可以自由支配的阶段，怪物的召唤，效果的使用，卡的放置，怪物表示形式的变更都可以在此阶段进行。
主要阶段可以进行的:
怪物的召唤:通常召唤与怪物的设置共1次(和主要阶段2合计)，反转召唤、特殊召唤没有次数限制。
怪物表示形式变更:基本的，一只怪物一回合只能进行一次的表示形式变更。怪物召唤、特殊召唤回合表示形式不能变更。
各类卡的效果的发动:在主要阶段发动效果的效果怪物(大部分的启动效果)、魔法、陷阱效果都可以在此时发动。只要满足条件，发动次数不受限制。
魔法·陷阱卡的覆盖:把魔法·陷阱卡覆盖在场上，只要不超过上限，覆盖几张都可以。
注:怪物的非战斗反转是以背面守备变成正面攻击表示，设置是以背面守备表示，特殊召唤不能是背面守备表示。
战斗阶段
场上怪物进行战斗的阶段，整个阶段又分成若干个“步骤“。战斗阶段不是必须经过的阶段。场上有怪物的时候，玩家可以自行判断是否进入战斗阶段还是直接进入结束阶段。
战斗阶段可以进行的:怪物的战斗，陷阱、速攻魔法的发动
战斗阶段的流程:
开始步骤
↓
战斗步骤←→伤害步骤
↓
结束步骤
开始步骤:回合玩家宣布“进入战斗阶段“。
战斗步骤:自己场上表侧攻击表示的怪物中选择1只以对方的一只怪物为攻击对象发出攻击宣言。对手场上没有怪物的时候可以直接攻击对手。宣言结束后进入伤害步骤。伤害步骤结束还再进入战斗步骤，如此反复。但是基本的，1只怪物只能攻击1次。
伤害步骤:计算伤害，判定战斗结果的步骤，具体参照后面的“怪物战斗规则“。伤害步骤结束回到战斗步骤。
结束步骤:战斗步骤和伤害步骤反复进行直到没有要攻击的怪物了，宣布“结束战斗阶段“。然后战斗阶段结束。
战斗阶段中的卷回
战斗阶段时，回合玩家指定自己的怪物和对方的怪物或者玩家本身做出攻击宣言之后，因为卡的效果而使得对方场上怪物情况发生改变的情况下，回合玩家可以重新选择怪物攻击目标或者放弃此次攻击。这个行为被成为“卷回“
注意:发生卷回后，回合玩家要重新确定指定怪物的攻击目标，但是如果放弃此怪物的攻击而转由自己场上其他怪物攻击的话默认为放弃此怪物的攻击权力。本战斗阶段内，此怪物将不能再战斗宣言。而且由于已经进行了战斗宣言，此怪物在主要阶段2也不能再变换表示形式。
主要阶段2
战斗阶段之后的第2个主要阶段，只有在进入了战斗阶段后才会出现。基本可以做的事情和主要阶段1一样。要注意的是，战斗阶段中进行了战斗宣言过的怪物即使在主要阶段1没有变换表示形式也不能在此阶段变换表示形式。
PS:如果主要阶段1和战斗阶段都由于卡的效果被跳过了的话，由于主要阶段2必须跟在战斗阶段之后，所以该回合将自动由准备阶段直接进入结束阶段。
主要阶段2可以做的:怪物的召唤，表示形式的变更;卡的效果的发动;覆盖魔法·陷阱卡
结束阶段
一个回合最后的阶段，玩家宣布“回合结束“。处理卡上写有“回合结束时……““结束流程时……“之类的卡的效果。这个阶段结束时，回合玩家的手牌如果超过6张的要舍弃到6张，由回合玩家自己选择卡片送入墓地。
结束阶段必须做的:结束阶段发动的效果的处理，手牌数的调整
结束阶段可以做的:速攻魔法，陷阱的发动
战斗和连锁
怪物的战斗规则
战斗处理时(伤害步骤)的注意
伤害计算的处理是伤害步骤中最优先进行的，一般的效果将无法介入这个步骤而只能等该步骤结束再进行清算
·卡的发动限制:伤害步骤内，基本的怪物攻守力增减效果以及反击陷阱及与战斗伤害有关的通常陷阱以外的效果不能发动。而且此类效果的发动也仅限于伤害步骤开始到伤害计算前之间。
·向背面表示攻击:攻击背面防守表示的怪物的时候，伤害步骤中先将此怪物翻转为表侧守备表示再进入伤害计算。
·翻转效果的发动:攻击的背面表示的怪物是翻转效果怪物的时候翻转效果发动。效果的处理在伤害计算之后。当该翻转效果是要选择对象发动的时候，战斗中确认破坏的怪物将不能做为被选择的对象。
伤害的判定
战斗伤害的计算方法随着攻击目标的对手怪物的表示形式的不同而变化。
·攻击对手攻击表示怪物的时候
攻击怪物的攻击力VS被攻击怪物的攻击力
胜利:攻击怪物的攻击力大于被攻击怪物的攻击力的时候，被攻击怪物被战斗破坏送入墓地。给予对手相当于攻击怪物攻击力比被攻击怪物攻击力高的部分的战斗伤害。
平手:攻击怪物的攻击力等于被攻击怪物的攻击力的时候，战斗双方的怪物都被战斗破坏送入墓地。双方都不受战斗伤害。
特别提醒:0VS0的时候由于互相没有给予实质性的战斗伤害，所以双方怪物都不破坏。
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