日方以酷苛的条件使中国方面自动撤回了停战的提议，达成了不停战而和谈的目的。
后期谈判
3月24日第三轮谈判后，李鸿章回接引寺住所的街上途中突然遭日本人小山丰太郎枪击，造成李鸿章左眼下受伤。此次意外事件的发生使日本的谈判优势锐减，令日本政府极为狼狈，气急败坏，担心被各国所诟病，承认“由于此次凶变，帝国不得不立于甚为困难之地位，反之，清国却因此对各国得到最好的口实，清使或将立即归国。而当其向各国哀诉时，各国将向彼表示同情，且难保不转而以其联合之压力抑制我方”。倭国担心造成第三国干涉的借口，一方面由天皇、皇后亲遣医生和护士对李鸿章进行治疗并给予慰问，另一方面自动宣布承诺休战。李鸿章也没有像日本所担心的那样立即归国，而是继续谈判。这颗子弹减少了一亿两白银，可以说是世界上最贵的一颗子弹，没有之一。
3月30日，双方签订休战条约，休战期21天，休战范围限于奉天、直隶、山东各地。此时日军已于3月23日袭占澎湖，造成威胁台湾之势，停战把这个地区除外，保持了日本在这里的军事压力。
这一风波平息后，日方代表以胜利者的姿态，继续进行威胁和讹诈。美国顾问科士达则想方设法怂恿李鸿章赶快接受条件，以便从中渔利。在1895年4月1日举行的第四轮谈判中，日方提出十分苛刻的议和条款，要求中方在三到四日内答复，主要包括：
•确认朝鲜独立；
•清国向日本赔偿军费库平银三亿两；
•中国割让台湾岛及其附属岛屿、澎湖列岛、辽东半岛给日本；
•中国向日本开放北京、沙市、重庆、苏州、杭州、湘潭和梧州七处通商口岸；
•长江、西江、吴淞江及运河等内河航行权范围；
•日驻军地点及所需军费。
李鸿章对日本的狮子大开口大为震惊，他一面奏报朝廷，一面对除“确认朝鲜独立”以外的条款进行逐条驳斥，并采取拖延战术。其后在日本的要求下，清廷改命李经方为全权大臣，随李鸿章一起议约。伊藤博文则在4月8日约见李经方，警告他一旦谈判破裂，“北京之安危亦有不忍言者”，要求尽快接受日方条件。4月9日，清方将条约修正案交予日方，修改内容主要是将赔款减为1亿两和缩小辽东半岛的割让范围。次日（4月10日）举行的第五轮谈判中，伊藤博文提出日方的最后修正案，其中对辽东半岛的割让范围适当收缩，赔款减为2亿两，通商口岸减为4处，这是日本根据西方国家的态度做出的一点让步，但仍十分苛刻。伊藤对李鸿章说：“中堂见我此次节略，但有允、不允两句话而已。”李鸿章问：“难道不准分辩？”伊藤博文回答：“只管辩论，但不能减少。”此间，李鸿章每日给总理衙门发回大量电文报告会谈进展情况，往来的电报均被日方截获破译。伊藤由此完全掌握了清政府决意回避谈判破裂局面的底线，同时也意识到拖延谈判对日本不利，故采取了更加强硬的立场。而清廷则一直对日本提出的要求束手无策，几番折冲后看见事情已无回旋余地，遂于4月14日电谕李鸿章：““原冀争得一分有一分之益，如竟无可商改，即遵前旨，与之定约”。
4月15日，中日双方举行最后一轮（第六轮）谈判，会谈从2时半延续到7时半，其间李鸿章苦苦哀求减轻勒索，但均遭拒绝。陆奥宗光对此记录道：“会见的时间虽长，散会时已到上灯时间，而其结果，他（李鸿章）惟有完全接受我方的要求。李鸿章自到马关以来，从来没有像今天会晤这样不惜费尽唇舌进行辩论的。他也许已经知道我方决意的主要部分不能变动，所以在本日的会谈中，只是在枝节问题上斤斤计较不已。例如最初要求从赔款二万万两中削减五千万两；看见达不到目的，又要求减少二千万两。甚至最后竟向伊藤全权哀求，以此少许之减额，赠作回国的旅费。此种举动，如从他的地位来说，不无失态，但可能是出于‘争得一分有一分之益’的意思。”1895年4月17日上午11时40分，李鸿章代表清政府与日本在马关春帆楼正式签订丧权辱国的《马关条约》，其主要内容包括：中国承认朝鲜独立；割让台湾岛及其附属岛屿、澎湖列岛与辽东半岛给日本；赔偿日本2亿两白银；开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸；允许日本人在通商口岸开设工厂。
1895年5月8日，中日两国在芝罘（今山东烟台）交换两国皇帝的批准书，条约正式生效。
条约全文
按：《马关条约》包括《讲和条约》11款，《另约》3款，《议订专条》3款，以及《停战展期专条》2款。中文本称“中国”，日文本称“清国”。
李鸿章的这番话并没有让日本改变想法，最终，清廷割让辽东半岛、台湾、澎湖列岛，以及原来清政府的藩属国——朝鲜，并赔偿日本两亿两白银。而现在看来，李鸿章所言都实现了。
根据条约规定，中国割让辽东半岛（后因三国干涉还辽而未能得逞）、台湾岛及其附属各岛屿、澎湖列岛给日本，赔偿日本2亿两白银。中国还增开沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，并允许日本在中国的通商口岸投资办厂。
《马关条约》使日本获得巨大利益，刺激其侵略野心。与此同时，条约也使中国民族危机空前严重，半殖民地化程度大大加深。该条约适应了帝国主义列强对华资本输出的需要，随后列强掀起了瓜分中国的狂潮。李鸿章的一生签下了三十多个不平等条约，因此背负一世骂名，他很渺小，但也能扶着清王朝，艰难地走了几步。
（我并不觉得李中堂是什么卖国的贼，因为这由不得他，可在历史书上他不得不背下。）
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