三，军事方面
其一、申明军纪
颁布军规十八条。又下令：将官士卒，有擅夺百姓一物者，立刻处斩；如该主不首，连坐；该管官失察，责八十棍。立法若是之严，史载凡发兵征剿，所过大路，鸡犬不惊，百姓卖酒肉者路旁不断。民得安息反富庶焉。
就连反对靖藩谋逆最坚决的封建大儒也称赞道：“靖逆立法甚严，兵民相安。”
其二、奖励军功、抚恤伤亡、授爵授田
朱亨嘉取消了斩首级记功政策，改为了镇抚官登记记功。回桂林后，他根据各级将士战功，将没收的部分叛乱土司土地授予立功将士，少则十亩、二十亩，多则几百、上千亩。
阵亡将士赐家属良田百亩；残疾将士赐良田五十亩。
其余参战人员亦赐银二两。军心大悦。
又授杨国威为兴业侯、史其文为平南侯、范友贤为定北侯、李明忠为定西伯、严遵诰为武勇伯、杨武为安南伯、孙贵为定海伯、杨怀为忠勇伯、朱亨跨为镇国将军。
严天凤本来和杨国威、史其文、范友贤同为伯爵，但严天凤在肇庆驻守未参战立功，其他三人都因战功升了侯爵。朱亨嘉怕严天凤心里失落，将自己的女儿荔浦县君朱慧婷（八岁）许给了严天凤的小儿子严孝勇（十三岁）。“坐在监囯的位置上，考虑问题必须周全呀！”他想。
其三、严格训练
令各部不分战兵、守兵，日夕操练，三、六、九为大操。
其四、加强军工生产
将兵部由武选、职方、车驾、武库四司扩建为武选、职方、车驾、武库、武备五司。
新设的武备司设郎中（正五品）一人、员外郎（从五品）两人、主事（正六品）若干，专门负责军工生产。下设战马科、火器科、兵甲科、军需科、舰船科，各设主事负责。朱亨嘉让他们制定制度，重奖发明创造；又让他们在保持质量的基础上，既可以自行生产，也可以下订单给民间。
其五、扩建海军
令在廉州合浦、琼州儋州、高州电白、安南兴安修建军港、水寨。
以孙贵为广东水师总兵，领水兵一万五千并各类大小船只四百余艘，驻守合浦；令田虎为儋州水营守备，领兵一千并各类船只五十艘；令钱亮为电白水营守备，领水兵一千并各类船只五十艘；令王治囯为兴安水营守备，领水兵六百并各类船只三十艘。
鉴于靖军海船较小，火力不足，朱亨嘉令兵部武备司舰船局组织专人仿造西夷人的风帆战舰。
其六、裁撤卫所
将各省卫所由都指挥史降级为指挥史，省级设指挥史（正三品）、指挥同知（从三品）、指挥佥事（正四品）、卫镇抚（从五品）等；府级设千户（正五品）、副千户（从五品）、所镇抚（从六品）；县级设百户、总旗、小旗若干。
改革以后，各省的卫所就相当于后世的预备役兼武装部。主要负责农闲时节组织各府县农夫训练，帮助正规部队募兵，紧急状态组织壮勇协助守城。
朱亨嘉取消了卫所官员的世袭制，改为由兵部任命。
令兵部派人清查卫所屯田，因为卫所制度早已崩坏，有些军田已经被侵占了百余年，所以特谕仅清查最近三十年的屯田。
四、民生方面
其一、取消军户、匠户的户籍限制，统一编为民户，允许他们自由择业。
其二、允许蜑户入民户籍，地方官员不得限制蜑户上岸、经商、科举等。
其三、规定民间田租最高只能收取十分之二，民间借贷最高只能十分之一。
其四、令工部督导各地修缮驿路。
其五、取消三饷，永不复征。
其六、取消徭役
原先的徭役改为雇役，由官府出钱雇人服役。此令一出，民皆悦之。
其七、官府开仓赈济饥民。
五、民族宗教方面
其一、各少数民族的寨主、头人、首领，只要愿意服从朱亨嘉统治，朱亨嘉一律承认其在自己领地的管理权，表现好的封以土官。
其二、鼓励少数民族人士参加科举
明文规定土民参加科举，土官不得阻拦。
其三、鼓励少数民族参军
明文规定土民投军，土官不得阻挠。
其四、鼓励各民族通婚
汉、僮、倮、夷各族通婚，每对新人奖励羊一只、酒两壶、粮五斗。
其五、尊重各民族宗教
鼓励儒、道、佛各家传教。
令在广西田州敢壮山上建布洛陀神庙。
令保护宗教寺观，刻印佛教经典、铸造供佛的香炉等器物。
为表明自己一贯尊师重道，朱亨嘉亲自去文庙祭祀孔子。
他又任郑封为广西巡抚、金维新为广东巡抚、胡执恭为安南巡抚，让他们在各地督促《明定国是诏》全面施行。
《明定国是诏》颁布实施后，取得了良好的政治效果。人心迅速安定。自明末以来多年不见的升平景象，竟然在朱亨嘉谋逆以后一年的时间就出现了，连原先对朱亨嘉心怀敌意的隆武帝和鲁监国政权支持者也为之赞叹，称之为有“熙皞之风”。
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