洪承畴听说薛家军在绛州一日击败陕西三十六营流寇，嘴巴张得能够放下鹅蛋，二十多万流寇啊，洪承畴原以为薛家军会跟流寇打个旷日持久两败俱伤，哪知道流寇居然如此的不堪一击，坏了自己的图谋大同城的计谋。
洪承畴望着高大宏伟的大同城陷入了沉思，现在大同城里的内援已经被清洗，只要罗指挥使、余大成、张参将、梁参将跟薛家军一条心，这个大同城自己就很难攻破，而在绛州的薛家军会立刻返回大同城，自己的大军在大同城下面临内外夹攻，一个不小心就可能失去自己的一世英名。
洪承畴立马遥望了一个时辰的大同城，然后重重的吐出一句话：“传令下去，全军返回陕西。”
就这样一场剑拔弩张的大同城攻防战，随着洪承畴的一句撤离，顿时变得烟消云散，第二天大同城守军没有发现陕西官军的动静，直到中午才小心翼翼派出探骑查看，发现陕西明军的大营已经空无一人，这时大同城军民才知道，陕西军已经全军撤走了。
余大小姐出于安全考虑，一直没有开放大同城军民的进出，直到八月十四日，薛六率领阿如罕、薛庆益、肖参将、刘参将等两万多人马返回大同城，余大小姐才解除了大同城的戒严，不过经过陕西义军和洪承畴这么一闹腾，薛家军跟林丹汗合作进攻建虏的计划今年是不成了，这惹得林丹汗非常不满，使得薛家军和察哈尔部生出了隔阂。
就在朝廷视薛家军为第一大寇仇时，崇祯四年八月，建虏皇太极率清兵再攻大凌河城，辽东总兵受困于城内，只好向朝廷求救，这使得崇祯皇帝把目光再一次投向了辽东，暂缓了跟薛家军撕破脸皮。
于是崇祯皇帝趁着流寇新败，可是调集大批关内明军出征辽东，右佥都御史登莱巡抚孙元化急令不久孔有德以本部由海路抄袭建虏的后路耀州，孔有德害怕建虏兵锋，在辽东湾转悠了几天，借口遇到风浪未能成功登岸搪塞孙元化。
孙元化勃然大怒，再令孔有德领八百骑沿陆路出山海关赶赴大凌河城增援，孔有德勉强率部抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，部队在吴桥军纪不好，坑蒙拐骗打砸抢都来，与吴桥军民屡有摩擦，吴桥人皆闭门罢市抵制孔有德部。
时有一士兵强取身为山东望族，东林党干将王象春家仆的一只鸡，该士兵被“穿箭游营”，于是相好的士兵击杀了王象春家仆，事后王象春之子还不肯善罢干休，要求官府追究孔有德的罪行，这时山东镇守李九成把孙元化给的买马银钱花尽，从塞外回来的的李九成在吴桥遇到孔有德，两个人以前同是东江镇毛大帅的部将，李九成害怕孙元化追究他的耗费银钱的责任，于是乘机煽动孔有德聚众抢劫哗变。
孔有德，东江镇总兵毛文龙义子，曾经从毛文龙叫毛有德，是东江镇的一员猛将，毛文龙后为袁崇焕所杀后，其旧部由副将陈继盛统辖，不久，参将刘兴治在皮岛叛乱，杀陈继盛等十余人，登莱巡抚孙元化、总兵黄龙随即赴皮岛镇压，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元诸将，孙元化任命孔有德被为骑兵参将。（耿仲明则被派往登州要塞驻防）
孔有德受李九成、李应元父子的煽动，在吴桥发动叛变，在山东境内连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州数城，而此前不久皮岛的东江军也发生兵变，本来就与他们不睦的东江总兵黄龙遭叛兵割去耳鼻，幸得素与孔有德的不和的东江军尚可义等部救援方得免。
孔有德率部倒戈杀回山东，山东参将陶廷鑨率数千人往御叛军于阮城店，但山东兵不堪一击，数千人马一哄而散，山东巡抚余大成惊恐万分，托疾数日不能出，等到实在不得已了，才派遣中军沈廷谕去招抚孔有德、李九成。
孔有德根本不理会余大成的招抚，直驱登州城下，登莱巡抚孙元化急令总兵官张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大发部抗击，以两路成合击之势，但张焘与孔有德有旧，交战后其兵卒随即投入孔有德行列，对张可大部反戈一击，张可大部大败。，与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等人立即举火开门，登州便告失陷。孔有德还掳获了官兵七千人、战马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余门，西洋炮三百门，杀死葡萄牙军事教官多人总兵张可上吊自尽，孙元化自杀未成被俘。
孔有德的叛军攻克登州后，一边搜罗第东江兵逃离东江镇的乱卒扩充实力，一面转而围攻另一要塞莱州。崇祯五年正月，官军集中山东、保定、天津诸镇在登莱的数万兵力野战，久不征战的关内兵一战大败，几乎形成第二个“萨尔浒”，官军败回莱州者仅有数百人，山东巡抚徐从治，莱州知府朱万年只好据城死战。
东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄也起兵响应，该部一举发展为七八千人的大军，一度割据半个东江镇，与山东孔有德叛军南北呼应，总兵黄龙一时间居然只剩下皮岛和几个游击在那里苦苦支撑，这样被弹压下去的毛文龙旧部有开始大规模兴风作浪了。
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