整个撤离工作紧张而有序，不到五个时辰，郑森已趁着夜色，率刘国轩、郑经、一众将领，还有一、两千近卫虎贲，撤离了台湾城。随军只带着与作战相关的资源，金银珠宝之类的只带了少量，大部分留在了台湾城。
在一日后，郑森率众撤离到赤嵌城，与赤嵌城的郑军汇合后，集结鹿耳港所有的残余战舰四十艘，商船五十艘，载着军士出发。
郑森并没有直接撤往福建，而是先去了金门岛。
施琅的战略是放过金门岛不打，直接攻打的澎湖。在攻陷澎湖之后，施琅便将几乎所有战舰集结在了澎湖，放弃了对金门岛的封锁。郑森率军在金门岛轻松的登陆，找到了困守在岛上的守军，向周全斌说明台湾岛已然失守，今后的战略就是撤往北方，与方原继续周旋。
台湾岛仅存的兵力、战舰、民船一集结，至少也有上万军士，还有不计其数的船只，这些就是郑森前去和朝廷谈判的本钱。若空着手前去登州府，朝廷也不会拿正眼看郑森一眼。
目前郑森的势力全在金门岛集结，要全部撤去福建，现有的战舰、民船显然还不足。方原、施琅的追击随时可能杀至，也不敢在金门岛上多耽搁。郑森立刻抢劫了金门岛岛民所有的民船，强征了三百艘民船，连同金门岛民储备的粮食全抢了个一干二净，这才载着军士浩浩荡荡的离开了金门岛，前往福建撤退。
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