说做就做，京营的改革很快就拉开帷幕。
出于对兵权的慎重，朱由校并没有把京营改革全权托付给某个人，而是选择了亲自掌握每个细节。
可如此一来，原来的理政方式就出现了弊端。办事人员并不是每时每刻都能见到皇帝的，尤其是里面掺杂着大量低级官吏的时候，出入宫禁极其不便。
为了不影响工作效率，朱由校干脆设立了军机处，办公地点就选在养心殿。养心殿原是皇帝斋醮的地方，虽然和乾清宫、西六宫有门户相连，但相对独立。无论是朱由校过去处理政务，还是办事人员前来当值，都要方便的多。
既然设立了军机处，朱由校干脆又把自己熟悉的那套办公室设置搬了过来。一口气在军机处下面设置了司务厅、秘书厅、符宝厅、参军厅、通政厅和行人厅，这八个机构涵盖了整个秘书工作的流程，分别对应了办公室、文秘、机要、军事参谋、文件收发和执行监督等职责。
除了司务厅、符宝厅用内侍外，其他四个厅分别是从翰林院、勋贵武官、通政司和行人司中选人。为了防止有人插手进来，朱由校又特意设置了人事处和财务处，将军机处独立于内廷和外朝之外。
军机处一出，首当其冲的就是司礼监和内阁。为了安抚众人，朱由校忙说军机处是临时办事机构，等京营改革之后就会裁撤。
可这句话根本没有人信。
当初内阁成立的时候也是临时机构，而且还是咨询机构，可现在不也成了事实上的政事堂，统领起文武百官了。
可过了几天，大臣们却发现，皇帝处理政务的时候虽然换了地点，把御门听政变成了养心殿听政，却还是和阁臣九卿进行商议。
和以前有所变化的，不过是司礼监行文改成了军机处行文，同样是内阁副署，同样是部院办理。虽然京营大小事情都直接掌握到军机处手里，可京营大军本就是直属皇帝的，兵部以前是协理，现在还是协理，也没有太大的损失。
这天，内阁阁臣和六部堂官来养心殿议政，王安等内侍也在。
先是兵部尚书黄嘉善奏事，说京营兵马已经整顿完毕，得精兵三万四千多人，编成了两个新编师。至于其余士兵，也已经重新编组，编成了十只厢军，每只厢军大约有一万人左右。
厢军是前宋时期的编制，名为军队，实际上却是杂役兵。如今被兵部拿来做分流兵员之用，倒也合情合理。哪怕是编入厢军的士兵，也都没有怨言，毕竟不用操练，更不用上战场，正和这些兵痞的意。
而那些无心征战的军将们，能够继续到厢军中任职，也十分满意。
不过，朱由校却没有那么好心。
等到厢军的兵器全部缴回兵部后，他就会下旨，停发厢军军饷，让厢军自收自支。
当然，皇帝是很仁慈的，会让工部或地方官府准备些疏通河道、兴修水利的活计，工钱一定给的高高的，绝不会让厢军上下有任何怨言。
可是这都是以后的事情，在十万厢军没有分散驻扎前，朱由校绝对不会向外边透露半点风声。
谈完军务，又谈政务，可政务上的事情就让朱由校比较憋气了。
三月初五的时候，杭州发生了一场火灾，大火烧了整整一昼夜，涉及了六千一百多户，男女死者共三十五人。
这样大的祸事，即便地方上辩解是天灾，朝廷也要降旨斥责，甚至罚薪罢职。
对当地官员的惩处内阁早就拟好，朱由校并没有不同意见。可减免杭州钱粮的提议，却让朱由校皱起了眉头。
上有天堂下有苏杭，杭州素来都是赋税重地。若是按照内阁意思，豁免杭州一年钱粮，户部的收入肯定要出现大的赤字。
朱由校斟酌了半天，才看在浙江人文荟萃的份上，点头应承下来。
商议完政务，原本凝重的气氛为之一松，李三才和韩爌等人对视一眼，故作随意的说道，“陛下，臣有个想法，内阁值房能不能也仿照军机处制度改革。”随着一点点磨合，君臣关系已经融洽许多。毕竟是朝夕相处的，谁也不愿一见面就大眼瞪小眼。不管各人背后如何动刀动枪，但坐到一起的时候都一团和气。
朱由校一听就乐了，“怎么，感觉到方便了？”
内阁名义上是个临时咨询机构，除了几个大学士外，内阁的人员不过是中书舍人二十人，这些人多是翰林见习政务，负责书写诰敕、制诏、银册、铁券等工作。却没资格对政务指手画脚，更别说帮大学士分担政务。
以至于李三才等人都是几十岁的人了，却还要亲自做文牍之事，生怕有半点不妥。
韩爌也笑，“圣上明烛万里，臣等甘附骥尾。”
朱国祚和沈飗也同声附和。
内阁改制是阁臣们的共同意见，为的是能够明确自身地位，不让皇帝趁机把内阁弱化。至于提升内阁工作效率，倒是次要的事情。
对于阁臣们的心思，在场的人都看的清清楚楚，朱由校也不例外。
实际上，阁臣们刚刚开始串联，还没有达成共识的时候，沈飗就已经把事情密奏上来。随后的文臣大串联，更是在朱由校的关注之下。
可知道归知道，却不代表朱由校能认同大臣们的这种做法。乾清宫和养心殿的门都是开着的，李三才也好，韩爌也好，包括六部尚书、大小九卿、科道官员，他们谁都有单独求见的机会。
可事实上，除了沈飗、徐光启，没有一个人单独给自己提过，而是来了个突然袭击。
这，让朱由校本能的感到一种不安。
在大明，文臣势力大联合不是一次两次了，每次都要闹出极大的动静，或大或小的对皇权进行着冲击和伤害。不管有理没理，都要把和他们对峙的皇帝打为昏君，弄得声名狼藉。
朱由校不想落了昏君的名声。
可事实却很明显，东林党已经和齐楚浙党联合起来了，至少是在确保内阁地位的问题上达成了默契。
朱由校必须要小心应对。
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