理藩院经起一劫，可谓元气尽伤。就算凤九渊下达了特赦诏书，让90%的官吏和技师得以超生，但将会被杀掉的那10%却都是支撑起整个理藩院的梁柱，一旦他们被砍了脑袋，理藩院恐怕在二十年内也难以恢复被整肃之前的实力。
你说凤九渊急不急呢？
他当然急！
正因为这样，那些顽固份子才咬定凤九渊不敢拿凤凰界的国运来作赌注，将他们一网打尽，因此不管大理寺怎么审，怎么问，他们都咬紧牙关，不招不认。尽管凤九渊的屠刀已经挥了起来，杀掉了一批最强硬的，他们依旧认定不过是做样子给他们看，在吓他们招供，因此就越发的坚定起来。
凤九渊说了：你不招、不认没关系，只要刑部找到了确实的罪证，该斩立决的斩立决，该灭门的灭门，该夷族的夷族，绝不特赦。如果你懂事，晓得主动招供，那么，一律从宽处置。
他怕人不信，特地赦免了两名凤凰社的高级都管。这两人涉案的金额都不小，一个是三百万金币，另一个是一百八十多万，按律都该夷族了，但凤九渊说：“他们不是把钱拿去买田置宅了么？那就先抄他们家，看能找补回来多少，差额的，让他们以待罪留职，给我拼命地还去，哪一天还清了，哪一天免除罪名。如果还不清就死了，就让儿子、孙子、重孙子去还，直到还清了为止。这法子确实不人道，但我就要让所有贪墨的人知道，把公家的往自己包包里头搬，总有一天要还的！”
开了这个好头之后，后来就陆续有人主动招供，坦诚自己干了哪些坏事，利用职务之便，谋得了多少好处等等。随着规模的逐渐扩大，整个理藩院的烂摊子就彻彻底底地被翻了出来，除了少数极其清廉自守的，几乎所有人都陷入了这个臭泥潭之中，难以自拔！
为了杜绝这一情况再度发生，凤九渊就下诏了，从今以后，理藩院纳入督察院的监督，核审部每年都必须对其账目进行审计，一旦发现问题，从严从重处置。
饶是如此，他还是没有将理藩院贬级，纳入中书省管理之下。但为了从体制上对理藩院的权力进行限制，他还是做了不少工作，特别是责成太傅师若般制定新的管理规范，让理藩院的财政大权收归财部，人事任命权归皇帝，作坊内部事务管理由工部介入，安保管理则由关部负责。有了这些牵扯，理藩院绝对不可能再像以前那样为所欲为了。
理清了这些之后，他才开始着手让理藩院在尽可能短的时间内恢复活力。
可是需要怎么做呢？优秀人才几乎损失殆尽，这让完全依靠人力的武备研发和生产体系遭遇了毁灭性的打击。
尽管很多大臣都痛恨理藩院官吏的作为，恨不能将他个个都诛九族，但他们也清楚，如果真这样做了，凤凰界恐怕也会被诛了九族，死无葬身之地的。正是这样，凤九渊的特赦诏书才会在门下省没有遭遇半点的阻力，轻而易举地通过了。尽管在朝会上朝臣们都力阻他颁下特赦诏书，但在事实既成之后，却没有一个人上书反对。这就是因为大家都清楚理藩院是不能倒的，惩办首恶可以，切除毒瘤也可以，但不能将整个儿都给摧毁了。
但他们却不知道的是，凤九渊早在就筹谋用更先进的管理方式和生产体系来取代理藩院。原想只是寻个漏子对理藩院这辆庞大的战车开始外科手术式的改革，然后再逐步深入，没料到理藩院竟然烂到了根子上，不连根拔除就不足以根治。经过深思熟虑之后，凤九渊觉得自己再能不投鼠忌器，必须痛下决心，尽早完成理藩院的彻底革新，若是一步一步地来，终其自己的一生，恐怕都难以完成理藩院的最终改革目标。
他一边是想要彻底改革理藩院，一边又下特赦诏书，赦免罪刑较轻的官吏，这样的做法不是很矛盾的？
看似矛盾，其实一点也不冲突。
第一，他的目标是要改革理藩院，而不是毁灭理藩院，更不是杀人，更何况真要所将有人都依律惩治了，没有百万颗人头填不起这个大案牵扯出来的坑的。试问哪个帝王在面对这样的情况时，会真的坚定信念，将律法彻底地执行下去呢？凤九渊也想过，律法的神圣性是不可侵犯和亵渎的，一旦动摇了，以后恐怕会生出更大的乱子。但有什么办法呢？即便是特赦诏书颁下了，被斩杀的人依旧超过五万之数，想想历史，想想后世，他觉得自己‘暴君’或是‘杀人皇帝’的帽子是戴定了。
第二，宇宙很大，真的很大，大到就连划分出了左中右上下五个宇宙世界的中宇宙智慧生命们都还不知道它的真正边际在哪里，而他的最伟大志向却是做一个真正的宇宙级军火商。以星海工业+无回城的实力，尚不及占领整个左宇宙世界的市场，而理藩院虽然曾是中宇宙世界军火市场的霸主，如今却也风光不再。要实现理想就必须得有足够的底气。底气又是什么呢？那就是强大的科研和生产能力。不管是星海工业还是理藩院，他都要保证以自己的研发创造为主体，然后再带动整个体系的有效运转，才能一步一步迈向宇宙军火商的至高巅峰。就目前理藩院的生产规模而言，是远远不能满足他的计划的，就算他在围绕以九天为中心的基础上建立起了整个智能化产业链，对人手的需求依旧相当的大。所以，保住那些人的命就是保住自己的理想，也是保住凤凰界的未来！
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