接下来，吴世恭就无所事事了。那些管事也安排着人去看地界，回京城募集难民等，忙得是不亦乐乎。至于他们将来是如何和官府打交道，吴世恭也没兴趣去关心这些了。
阿敏基本上把镶蓝旗的主力带回了关外，并且也保住了大多数的财物和人口。可是他一回到盛京，就被皇太极治罪并圈禁了。镶蓝旗的旗主也转给了听皇太极话的，阿敏的弟弟——济尔哈朗。
更由于另两位大贝勒当时阻止后金军入关，而皇太极坚持入关以后，收获是特别的巨大。所以此消彼涨以后，皇太极在后金的权威，是完全地建立了起来。
而这一次的己巳之变，却给了崇祯皇帝巨大的心理震动。其中对崇祯皇帝最大的影响就是，他发现：他所倚仗的以东林党为主的文官，也是不能够得到重用的。
不要说袁崇焕了，就是东林党的首辅和兵部尚书，在这次己巳之变中的表现都是极其拙劣。而且更让崇祯皇帝痛恨的是，他发现首辅和兵部尚书竟然就是崇祯皇帝最痛恨的袁崇焕的总后台。
于是，崇祯皇帝决定也疏远那些东林党官员了。可这样一来，能够辅助崇祯皇帝的文官就剩不下几个了。崇祯皇帝也只能够亲力亲为地亲自处理大量的国事，成为了明朝皇帝中的第二位劳模。
不过，明朝的两位劳模皇帝，一位是开国的朱元璋，一位就是亡国的崇祯，倒是真正做到了首尾呼应啊！
然而在这次清算东林党官员的行动中，有两位无党派人士成为了崇祯皇帝的得力助手。他们就是周延儒和温体仁。他们也将在不久的将来，分别成为了崇祯朝的首辅。
在这两位大臣的支持之下，在抓捕了袁崇焕六个月以后，崇祯皇帝终于决定，把袁崇焕押赴菜市口，凌迟处死。所用的罪名主要就是：袁崇焕勾结后金，放后金军入关到京辅地区抢掠。
行刑当天，对袁崇焕恨之入骨的京城百姓欢声雷动，争啖其肉，袁崇焕也闹得一个死无全尸。
平心而论，如果从袁崇焕的罪名来看，袁崇焕是被冤枉的。毕竟终其一生来看，袁崇焕一直在和后金战斗着。并没有任何投降的举动。这也和后来大批投降后金的汉官形成了鲜明的对比。
但是袁崇焕作为明朝负责辽东作战的督师，掌握着明朝最大的一支军队，占用了明朝大部分的军饷，又得到了崇祯皇帝最充足的钱粮供应。
可在袁崇焕夸下海口说过五年平辽的话以后，只过了一年，后金军却打到了明朝的京城地区。这在任何朝代都是不可原谅的罪名。
一句话：袁崇焕的死，就是死于他的无能。
而袁崇焕的所作所为造成的后果，让崇祯初年还比较平静的明朝局面，迅速得恶劣了起来。因此也可以这么说，袁崇焕就是造成明朝灭亡的罪魁祸首之一。
在得到了明军收复永平四城的消息以后，崇祯皇帝是欣喜若狂。因为这是这次己巳之变中，明军作战中显示出来的唯一亮点。
虽然在报功的奏章上，因为孙承宗要平衡安抚辽东铁骑，秦良玉的功劳并没有排在第一位。但是，上到崇祯皇帝，下到各位了解战况的大臣们，都知道这次收复永平四城，秦良玉立下的是首功。
因此，崇祯皇帝立刻派出了犒劳明军的太监，并让这太监去给秦良玉传个圣谕：告诉秦良玉立刻到京城，崇祯皇帝将会亲自召见她。而这位传达圣谕的太监，正是吴世恭的老熟人——秦公公。
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