崇祯九年七月九日，陕西。
“贺总兵！曹总兵前车之鉴，汝记否？千万不可轻敌冒进，不要离本抚大军太远。”孙传庭皱着眉头叮嘱贺人龙道。
没想到贺人龙毫不在意地挥挥手，说道：“巡抚大人放心，我老贺省得。您带出来的那些没褪毛的兵不济用，还是看我老贺在前方建功吧！”
贺人龙的话说的很随便，隐隐的带着对孙传庭的轻视。这些年贺人龙看到的无能文官太多了，他早就失去了对文官的敬畏。所以对孙传庭这位新上任的陕西巡抚，贺人龙是相当的不以为然。
孙传庭的眉毛一扬，可忍了一会儿还是压住了心中的怒火，他沉声说道：“那贺总兵就多辛苦了。”
其实贺人龙根本不象他外表表现的那样莽撞，他也在观察着孙传庭的神色。不过在听到了孙传庭的话以后，贺人龙心中忍不住轻蔑地一“哼！”，然后拱手说道：“那末将就下去准备了。”
看到贺人龙嚣张地离开，孙传庭的一位幕僚就再也忍不住了，他对孙传庭说道：“那贺疯子目无尊长，大人为何不严加处置呢？”
孙传庭的食指在大案上轻轻地敲了几下，回答道：“来日方长！”
此次农民军入河南以后，在各路明军的围攻之下连连受挫，所以在长期的战斗中，各营的农民军都损失过半。为了保存自己的实力，除了高迎祥、张献忠等营还留在郧阳与卢象升等明军缠斗以外，其他的各营农民军纷纷回到陕西。
首先就是九年正月，闯将李自成和满天星、六队、争功王四支共十三营，合计精骑数万，由西安地区经同官、宜君、宜川，绕到韩城，拟待黄河冰冻后转入山西。
由于这年冬季气温较高，河水没有封冻；山西巡抚吴甡又加强了防河兵力，所以农民军的入晋计划未能实现。之后此部农民军起营前往郃阳、澄城。
二月，洪承畴纠集官军二万拼命追击，李自成和混天星从澄城经韩城、郃阳、宜川、洛川、鄜州（今富县）、延安、环县、庆阳、固原一线而走。过天星、满天星部则由真宁、合水东入陕西高陵、三原地区。
洪承畴耽心省城西安有失，被迫分兵追剿。他自带一军返回陕西镇压过天星、满天星二部，让部下将领继续西追李自成和混天星。
洪承畴所领官军在中部县（今陕西黄陵）追上过天星和满天星。由于官军势大，过、满二部避而不战，向西开拔同李自成、混天星会合，打算进攻甘肃兰州。
洪承畴檄调左光先和甘肃总兵柳绍宗合击起义军于干盐池（今属宁夏海原县）。农民军大败，过天星（即张天琳）请求投降。明陕西巡抚甘学阔安插其部数万人于延安，不久又飏去复反。不过这也导致了甘学阔被撤职，孙传庭接任陕西巡抚。
可正当双方相持之际，二月初十日，宁夏官军士卒由于长期缺饷，发生兵变，巡抚王楫被杀。洪承畴感到一高官吏被杀，事态严重，亲自赶到宁夏固原去处理。李自成、满天星等部势力复振，趁机进攻陕北榆林、绥德一带。
五月，李自成、张天琳等部与官军作战于安定。官军大败，总兵俞冲霄被活捉处死，副总兵李成也被击毙，士卒被歼灭三千人。
可是当农民军乘胜进攻米脂时，不慎中了总兵贺人龙的埋伏，损失很大。又碰上大雨，无定河泛滥，不少农民军兵丁被洪水淹死，李自成、刘宗敏、张能等只剩下数百骑脱出险境。
就在这时，李自成的部将高一功带了一万多人从固原来，会师之后声势复振。李自成遂联合在陕北的其他各支农民军连续攻克延川、绥德、米脂。因为米脂是李自成的家乡，所以这次返里对当地群众是个有力的号召，李自成的亲朋故旧纷纷来投，使得他的实力迅速地恢复了。
因此可以这么说，先期回到陕西的农民军作战也是处于了下风。
而在崇祯九年的五月，见到愈演愈烈的农民军造反，朝廷的政策也有了一点改变。先是崇祯皇帝发布了《大赦山陕胁从群盗》的诏书，并且派出了奉命赍诏前往招抚的兵部职方司员外郎包凤起。
应该说，这个诏书在之后也起到了一定的作用，尤其是在农民军接连受到打击时。
而也是在五月，高迎祥部也难以在湖广立足了，他会合闯塌天、蝎子块部转入陕西兴安、汉中地区。而现在的湖广也只有张献忠这一营农民军在活动了。
由于高迎祥在农民军中名声卓著，他的部队的战斗力又最强，一场以围歼高迎祥部为主要目标的军事行动开始了。
河南明军在巡抚李仙凤的率领下，堵住农民军由陕西折回中原的路，而陕西巡抚孙传庭和三边总督洪承畴部官军，则充当围剿高迎祥部的主力。
而这时候的高迎祥部退入陕南山区之后，在荒山野岭无处觅食，人饥马乏。为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。
但高迎祥选择的这条小路就是赫赫有名的子午谷。
在三国时，诸葛亮一出祁山时，魏延曾献策子午谷奇谋，就是要通过子午谷奇袭长安。而诸葛亮因为此计太险而否决了这个奇谋。当然，最后因为马谡失街亭而导致诸葛亮的一出祁山也失败了，之后就埋下了诸葛亮与魏延之间的矛盾，发生了等等等等的故事。
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