争霸时代结束后，口袋星进入了新的纪元，超古代时期，因为资源的匮乏，超古代时期的神奇宝贝和人类都生活的异常困难，甚至一些强大的种族都因为食物的缺少而消失在了历史中。
然而天有不测风云，在超古代时期最后的时间段里，宇宙形成的一场陨石雨，让口袋星上的生命经历了最大的一次天灾，在那场陨石雨带走了无数神奇宝贝和人类的生命。
而小智手中的超古代快龙，也是那场陨石雨中唯一少数存活下来的生命，陨石雨结束后，口袋星的环境更是变得恶劣，空气中的元素能量也没有争霸时代那么多了。
神奇宝贝蛋无法更快大量吸收能量，所以诞生的时间也越来越久，就算诞生了，也因为先天性的不足，丧失了体积上的优势。
而这个时代，就被成为古代，也是人类崛起的一个重要纪元，在古代时期，有的人类在那场陨石雨中获得了异常的能力，也就是现在的超能力。
再加上体型巨大的神奇宝贝们在陨石雨中丧命，新的神奇宝贝也因为吸收的能量不够，体型变得和人类差不多，甚至更小。
人类也抓住了机会，开始崛起，古代的一千年，人类发展到了如今这个地步，而神奇宝贝们的体型也逐渐定型，在环境完全恢复后，神奇宝贝们也因为基因记忆的关系，无法在恢复到他们祖先他们庞大的身体了。
创世神的传说，也是在古代一千年里出现的，其中还发生了不少不为人知的事情。
小智眼前画像上的忍者蛙，很可能觉醒了某种力量，从而让其进化到了祖先的最终进化，其实mega进化石的形成，全都要多亏了那些丧命在陨石雨中的超古代神奇宝贝。
因为这些mega进化石，就是那些超古代神奇宝贝死亡后形成的能量结晶，能量结晶里不仅有着进化的力量，还有着少部分传承记忆，这才可以让如今最终进化的神奇宝贝们暂时性的进化到祖先最终进化的样子。
听完小智的讲解后，在场的众人也终于明白了小智为什么会说画像上的忍者蛙不是羁绊进化也不是mega进化，因为画像上的忍者蛙背后并没有水手里剑，很明显是不完全的进化。
这就表示这只忍者蛙的基因很不稳定，虽然能够暂时进化到祖先的模样，但依旧丧失了部分的力量。
“原来如此，不愧是小智先生，我从来你没想过口袋星的历史竟然是这样发生的，更想不到人类的诞生竟然是细胞组成的。”
火影村的首领一平听完小智的话后顿时肃然起敬，小智能够把口袋星的历史说给他们听，这足以证明小智的学问有多么的深了，知识量和他们完全不是一个级别的存在。
他们不知道，其实小智也是才知道口袋星的完全历史，要不是系统的话，小智也未必可以找得出口袋星的进化历程。
“轰！轰！轰！”
就在这时，外面突然传来了爆炸的巨响声，顿时让在场的人一惊，横梁上的铃铛也因此响起。
“不好，村子好像发生了什么事情。”三平，你在这里好好招呼小智先生，我和二平去看一下。”身为火影村的首领，一平很快冷静了下来，然后带着二平跑了出去。
就在一平和二平刚跑出去没多久，一股白烟突然从房间的门缝中袭来，守卫在门两边的忍者在闻到这些白烟的味道后直接倒在了地上。
“怎么回事。”小智眉头一皱，白色的烟雾中带着闪烁着亮光的粉末，是睡眠粉。
“多斯~”突然，一群带着面具的忍者破门而入，其中的头目一挥手，一只阿利多斯突然喷出蜘蛛丝，将在场的所有人包括小智全部绑了起来。
“你们是什么人。”火影村上一代首领半藏开口道，如今的半藏已经年过半百，七十多岁的老爷子了，一身实力冠军级，按理说不应该有人敢来火影村闹事。
“火影村的上代首领半藏，只要抓了你，我就是新的首领了。”一个带着半个面具的中年人开口道，然后吩咐手下忍者把小智在场的所有人全部带了出去。
小雪和瑟蕾娜一点担心的样子也没有，只要有小智在她们的身边，带来的安全感就会使得她们冷静下来。
“影伴，是你没错吧。”路上，半藏突然开口道，好像认出了绑架他们的忍者首领。
“哼，想不到你还记得我，当初要是让我当上首领的话，火影村一定会变得更加辉煌。”闻言，影伴摘下了面具，露出了中年人的面孔，看起来要比现任的首领一平大，而又比半藏小。
影伴，曾经是火影村仅次于半藏实力的忍者，也曾被村里的人认为是继承半藏退位后的首领，但是影伴的野心太大了，跟实力完全不成正比。
虽然影伴有着冠军级的实力，但却妄想着征服世界，让火影村的名字响彻整个世界，只可惜半藏却很清楚，这个世界的强者多的很，火影村的忍者虽然看起来是一股不小的力量，但真要征服世界，根本就是妄想。
因此在得知了影伴的想法后，半藏认为影伴的理念不适合继承首领的名号，从而在退位后，选择了当时实力还不是很强，但却很有声望的一平继位···
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