洪荒时间日月如梭，转眼已是万年之久。自三族大战，道魔之争后，三族退隐，洪荒一些散修都各自隐居，埋头苦炼，洪荒一时间，为之一清。
又是千年已过，洪荒又迎来了一番新气象。
昆仑山上风起云涌，三团清气在山顶化形而出，只见太清之气化为一慈祥老人，玉清之气化为一威严中年，上清之气化为一面目刚毅的青年，这三人却正是盘古元神所化的三清道人。三清道人承盘古开天福缘，天生大功德在身，化形便有大罗金仙后期的道行。
不周山脚下突然裂开一条近千里长，不知深浅的巨大裂缝，滚滚的浊气冒出，遮天蔽日，十二道身影从不周山底逸散而出，化为十二只巨兽仰天长啸，口中不断地呼喝着“巫、巫、巫、巫、巫、巫……”，却正是盘古元神所化的十二祖巫。这十二祖巫却分别是：金之祖巫蓐收：左耳有蛇，乘两龙，人面虎身，肩胛生羽翼。
木之祖巫句芒：全身青色，鸟身人面，乘两龙。
水之祖巫共工：蟒头人身，脚踏两条黑龙，手缠青蟒，全身黑鳞。
火之祖巫祝融：兽身人面，双耳穿火蛇，乘两火龙。
土之祖巫后土：人身蛇尾，背后七手，前面双手握腾蛇。
风之祖巫天吴：八首人面，虎身十尾。
雨之祖巫玄冥：巨兽之躯，遍身骨刺。
雷之祖巫强良：嘴里衔蛇，手中握蛇。虎头人身，四蹄足，长手肘。
电之祖巫翕兹：人面鸟身，耳挂两条青蛇，手拿两条红蛇。
天气之祖巫奢比尸：人面、犬耳、兽身，珥两青蛇，掌管天气。
时间之祖巫烛九阴：人面蛇身而赤，其瞑乃晦，其视乃明，不食不寝不息，风雨是谒。
空间速度之祖巫帝江：其状如黄囊，赤如丹火，六足四翼，四翅一扇二十八万里。
十二祖巫一脉相承，生来便通晓天地法则，神通广大，随后又有不少大巫自不周山底相继出世，聚集到祖巫周围，这些大巫不修元神，只修肉身，亦是本领非凡，自此洪荒巫族现。
可惜的是，洪荒众人的目光尽皆聚集到了巫族的身上，却没有人注意到一道金光从不周山山腰电射而出，倘若仔细看时，却分明是一个三寸小儿，驾驭着一辆金黄色的马车向着东海的方向飞去。
而那盘古右眼所化太阳星中亦是诞生了两位大神，却是后来妖族的领导者妖皇帝俊与东皇太一。这二人乃三足金乌化形，天生便就大智慧，其中帝俊有河图洛书两件灵宝伴生，而太一更是怀抱混沌钟出世。至于盘古左眼也诞生了两位女神，分别是羲和和常曦，也是福缘深厚之辈。
凤栖山上亦是雷雨交加，黑白两条巨蛇纠缠着向高空飞去，俄而化作一对男女飘然落下，只见那男子手抚一张古琴，说不出的潇洒，那女子亦是手持一把玉箫，美貌异常。
这二人却是阴阳本源孕育而出。二人一为阳气本源所化，一为阴气本源所化，化形后便以兄妹相称，却正是伏羲与女娲。
万寿山上，五庄观内，一道模糊的人影从一株参天古木内缓缓走出，只见这道人剑眉星目，手持拂尘，头顶一本古书静静悬浮，却正是后世的地仙之祖镇元子。这镇元子乃是那先天十大灵根中的人参果树化形得道，更得到了大地胎膜所化的地书，防御惊人，生机无限！
血海冥河老祖乃是盘古身陨时肚脐内的一滩污血结合污秽之气所化，此刻亦是怀抱元屠、阿鼻出世，又有十二品业火红莲和北方玄元控水旗护身，攻防一体当真了得！在血海深处，一团血茧不断涌动，慢慢破开一个空洞，从中钻出一只六翅黑蚊，飞出血海，消失不见。
又有一天地异种生于北极，入水为鱼，出水为鸟，却正是后世庄子《逍遥游》中提到的北冥鲲鹏。鲲鹏此人精于变化，通灵万物，此刻亦是化形而出。
又有一朵红云乃是盘古开天之时，产生的第一片云彩得道，这万事只要占个一字，那就是相当的强大，更何况是在这神秘莫测的洪荒世界！因此这红云大而铺天盖地，小而缩成一团，此刻亦是化为一个红袍老者，飘摇天地之间！
至于那被罗睺所毁坏的西方，虽然灵气稀薄，生灵稀少，却也产生了接引，准提两位大能。这两人相伴而生，一为混沌青莲的莲蕊所化，一为先天十大灵根之一的菩提树得道，天生便有大智慧，大毅力，两人互通有无，相得益彰。
蓬莱岛上，清云坐在清云宫内，面前呈现出一道影像，影像中放的是洪荒众神出世的景象。清云独自喃喃道：“该出世的都出世了，圣人时代将要来临。”
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